Sepran tavoitteena on tukea eteläisen Kymenlaakson kehittämistä paikallislähtöisesti. Hyöty kohdentuu erilaisen toiminnan ja hanketukien muodossa suoraan maaseudun asukkaille ja yrityksille. Toiminta perustuu Sepra 2020 -strategiaan, johon paikalliset asukkaat ovat määritelleet kehittämistarpeita sekä toimenpiteitä tavoitteeseen pääsemiseksi.
Toiminnan avoimuutta ja päätöksenteon tasapuolisuutta varmistaa kolmikantainen hallitus, joka on asettanut tuekseen jaostoja. Kalatalouteen liittyvän ESKO-hallituksen, Kotkassa toimivan kaupunkijaoston ja nuorisotiimin lisäksi Sepran hallitus on nimennyt kolme teemaryhmää (TeR), jotka eri tavoin tukevat Sepra 2020-strategian painopisteiden toteutumista.
Teemaryhmien pääasiallinen tehtävä on tukea oman painopisteensä edistämistä ja kuulla Sepran hankehakijoita, arvioida hankkeiden toteutumismahdollisuuksia ja toimijoiden resursseja asiantuntijanäkökulmasta sekä antaa toimijoille vinkkejä ideoiden eteenpäin kehittämiseen. Teemaryhmät voivat ideoida seminaareja tai työpajoja ja sen jäsenet voivat osallistua erilaisiin tapahtumiin.
Näissä neuvoa antavissa ja aktivoivissa ryhmissä on n. 8-12 jäsentä kussakin; painopisteen teeman asiantuntijoita, yhteistyötahojen edustajia ja aiemmin hallituksessa tai hankkeissa toimineita henkilöitä, joilla on tietämystä ryhmänsä teemasta. Kukin ryhmä valitsee keskuudestaan puheenjohtajan, joka osallistuu hallituksen kokouksiin esittelemällä ryhmän käsittelemät hankkeet. Monilla hallitusjäsenillä on teemaryhmätaustaa, joten ryhmässä toimiminen luo valmiuksia toimia myös Sepran hallituksessa. Ryhmien toiminta perustuu vapaaehtoisuuteen eikä jäsenille makseta kokouspalkkioita, vain matkakulut korvataan.
